En complément de ses missions, la CPNEFP définit les priorités de financement au titre des fonds mutualisés (légaux et conventionnels) en s'appuyant sur les orientations générales en matière de formation présentées par les caisses nationales et l'UCANSS.

Elle détermine les niveaux de prise en charge des dispositifs de l'alternance, notamment des contrats de professionnalisation, d'apprentissage et du dispositif de promotion ou de reconversion par l'alternance (Pro-A). À cet égard, elle fixe les coûts des formations relevant de l'alternance ainsi que les modalités éventuelles de prise en charge de la rémunération des stagiaires.

Dans le cadre du suivi et de l'évaluation de la politique de formation, une présentation annuelle du bilan de l'offre de services de l'OPCO de la cohésion sociale à destination du régime général est réalisée lors d'un temps dédié dans le cadre d'une réunion de la CPNE-FP afin qu'elle puisse réaliser toutes observations et propositions utiles.