Une gratification annuelle égale au salaire normal du dernier mois de chaque année est attribuée au personnel de direction. Elle est payable au plus tard le 31 décembre de l'année en cours.

À l'occasion des vacances, il est attribué au personnel de direction une allocation égale à un mois payable en deux versements, le premier d'une moitié du salaire fixe brut du mois de mai, le second d'une moitié du salaire fixe brut du mois de septembre. En bénéficie tout agent de direction dont le contrat n'est pas résolu ou suspendu pour le premier versement le 31 mai, pour le second le 30 septembre.

Le personnel de direction bénéficie en outre des primes ou indemnités attribuées à titre exceptionnel à l'ensemble du personnel des organismes du régime général de sécurité sociale.

Des accords annexes fixent les modalités de calcul et les taux ou montants des indemnités tels que les remboursements de frais de transport, l'indemnité de maniement de fonds au profit des directeurs comptables et financiers et des fondés de pouvoir relevant de la convention collective nationale de travail du 18 septembre 2018, prévue par le protocole d'accord du 10 mars 2023, etc.