La CPNE en agriculture détermine le niveau de prise en charge du contrat d'apprentissage en fonction du diplôme ou du titre professionnel (art. D. 6332-78 du Code du travail dans sa rédaction résultant du décret n° 2018-1345 du 28 décembre 2018). Ce niveau correspond à un montant annuel et il est établi pour une durée minimale de deux ans, par diplôme ou titre (art. D. 6332-79), et ce, peu importe la durée de celui-ci. Il peut être révisé périodiquement, selon les recommandations émises par France compétences. Ce niveau de prise en charge est établi pour le diplôme ou le titre, dans son intégralité, en ne distinguant ni les années ni les blocs ou les modules le composant.

Prise en charge par les opérateurs de compétences :

L'opérateur de compétences peut moduler le niveau de prise en charge, en appliquant une majoration dans la limite de 50 % du niveau de prise en charge, pour l'accueil d'un apprenti reconnu personne handicapée par la Commission des droits et de l'autonomie des personnes handicapées (CDAPH) – (art. D. 6332-82 du code du travail).

L'opérateur de compétence prend en charge, dès lors qu'ils sont financés par les centres de formation d'apprentis, les frais annexes à la formation des apprentis selon les modalités suivantes :
– les frais d'hébergement sont pris en charge par nuitée pour un montant maximal déterminé par arrêté du ministre chargé de la formation professionnelle ;
– les frais de restauration sont pris en charge par repas pour un montant maximal déterminé par arrêté du ministre chargé de la formation professionnelle ;
– les frais de premier équipement pédagogique nécessaire à l'exécution de la formation sont pris en charge selon un forfait déterminé par l'opérateur de compétences identique pour l'ensemble des centres de formation d'apprentis concernés, établi en fonction de la nature des activités des apprentis, et dans la limite d'un plafond maximal de 500 euros ;
– les frais liés à la mobilité internationale des apprentis sont pris en charge selon un forfait déterminé par l'opérateur de compétences, par nature d'activité et par zone géographique, identique pour l'ensemble des centres de formation d'apprentis concernés.