Les modalités de mise en oeuvre pratique des garanties prévues par l'accord font l'objet d'un protocole de gestion séparé qui définit entre les organismes assureurs désignés et les partenaires sociaux, notamment :
― la constitution d'une commission paritaire de suivi ;
― les réunions et le rôle de la commission paritaire de suivi ;
― la réalisation d'un bilan annuel sur les cotisations perçues, les frais de gestion, les prestations versées, les revalorisations instituées, les provisions constituées ;
― la transmission de données statistiques sur les entreprises et les salariés couverts.

Il est par ailleurs mis en place par les organisations professionnelles signataires un conseil paritaire de surveillance qui a pour mission de :
― faire le bilan des entreprises et salariés relevant du présent accord à partir des éléments transmis par les différents organismes assureurs désignés dans l'accord à leur commission paritaire de suivi ;
― faire un bilan annuel de l'application de l'accord, des évolutions et résultats globaux du régime de prévoyance mis en place par l'accord ;
― d'examiner les avis relatifs à l'évolution du régime transmis par les commissions paritaires de suivi ;
― de vérifier que les objectifs professionnels et de mutualisation sont réalisés dans les meilleures conditions ;
― de consolider les différentes données statistiques sur les entreprises et les salariés.

Le conseil paritaire de surveillance est composé de 3 représentants désignés par chaque organisation syndicale de salariés signataire de l'accord national et par un nombre équivalent de représentants des organisations professionnelles d'employeurs signataires.

La présidence est assurée alternativement pour une période de 2 ans par un représentant choisi alternativement dans chaque collège. Le secrétariat est assuré par la FNSEA. La commission peut inviter des représentants des organismes assureurs et toutes personnes jugées utiles.