Les modalités des élections du CSE sont définies par les articles L. 2314-4 à L. 2314-32 du code du travail. L'élection a lieu au scrutin secret sous enveloppe. Elle peut également avoir lieu par vote électronique, si un accord d'entreprise ou, à défaut, l'employeur le décide. Il est procédé à des votes séparés pour les membres titulaires et les membres suppléants, dans chacune des catégories professionnelles formant des collèges distincts. Les modalités d'organisation et de déroulement des opérations électorales font l'objet d'un accord entre l'employeur et les organisations syndicales représentatives, conclu majoritairement conformément à l'article L. 2314-6 du code du travail. Cet accord respecte les principes généraux du droit électoral.