La commission nationale se réunit au moins deux fois par an et, en cas de besoin, la partie demanderesse peut saisir le secrétariat, lequel est assuré par l'Alliance 7.

Chaque séance de la commission sera présidée alternativement par un membre du collège « salarié » et par un membre du collège « employeur », la vice-présidence étant assurée par un membre du collège auquel n'appartient pas le président.

Lors des délibérations de la commission, chaque collège dispose de cinq voix réparties à égalité entre ses représentants présents.

Les décisions de la commission sont prises à la majorité simple des voix exprimées tous collèges confondus.