La CPNEFP peut être amenée à se positionner, dans le cadre des missions précitées, par voie de délibération retranscrite dans un compte rendu.

Chaque organisation composant la délégation syndicale dispose d'une voix. La délégation patronale dispose d'un nombre égal de voix que la délégation syndicale.

Les délibérations sont prises à la majorité simple des suffrages exprimés. À cet effet, si une ou plusieurs des organisations syndicales n'étaient pas présentes à une réunion de la CPNEFP, le nombre de voix de la délégation patronale sera réduit à due proportion afin d'assurer l'égalité des droits de vote dans chaque délégation.

Le président ne dispose pas de voix prépondérante.