Présidées par un membre titulaire du CIE, elles comprennent un maximum de 11 participants, dont éventuellement les représentants syndicaux au CIE. À l'exception des représentants syndicaux au CIE, tous doivent avoir la qualité de membre titulaire ou suppléant d'un comité d'entreprise ou d'établissement/ CSE adhérent au CIE ou de représentant syndical d'un comité d'entreprise ou d'établissement/ CSE adhérent au CIE. Par principe, chaque membre titulaire du CIE a vocation à siéger dans au moins une commission. La commission dédiée à l'activité d'audit et de maîtrise des risques et celle dédiée à l'activité vacances comprennent chacune, parmi leurs participants, un participant de chaque organisation syndicale.

Des remplaçants éventuels peuvent être désignés en même temps et dans les mêmes conditions que les membres titulaires, auxquels ils peuvent se substituer, en cas d'indisponibilité temporaire ou de défaillance définitive.

La défaillance définitive des membres titulaires ou remplaçants d'une des commissions du CIE est constituée par la perte du mandat électif ou désignatif de premier niveau, pour quelque raison que ce soit ou par le retrait du mandat de représentant syndical au CIE confié par l'organisation syndicale.