L'activité d'audit et de maîtrise des risques et l'activité vacances font l'objet de commissions dédiées.
En application des articles R. 2323-41-1/ R. 2312-48 et L. 2325-34-1/ L. 2315-44-1 du code du travail, une commission des marchés est mise en place. Elle a pour missions de proposer au CIE les critères retenus pour le choix des fournisseurs et des prestataires du CIE et la procédure des achats de fournitures, de services et de travaux.
En outre, le CIE a la possibilité de créer, dans les conditions prévues au 11.5 ci-dessous, des commissions ayant vocation à intervenir dans ses domaines de compétence tels que visés à l'article 2 du présent accord.