Le CIE se réunit en séance plénière quatre fois chaque année, sauf réunion exceptionnelle supplémentaire demandée par la majorité des membres titulaires.
En application des articles R. 2323-41-1/ R. 2312-48 et L. 2325-49/ L. 2315-68 du code du travail l'une de ces quatre réunions plénières est intégralement consacrée à l'approbation des comptes. Elle se tient le même jour que la première plénière de l'année.
Le secrétaire arrête la date et l'ordre du jour des réunions en accord avec le président.
Le secrétaire établit les procès-verbaux des réunions à partir des minutes qui sont la base de référence. Le secrétaire dispose de la liberté d'appréciation dans la rédaction, il n'est pas tenu de reporter « in extenso » les interventions des membres du CIE. Les intervenants peuvent demander que leurs textes figurent en annexe et sous leur responsabilité, au procès-verbal, à condition que ces textes soient courts et synthétiques et correspondent aux minutes.
Le secrétaire devra, dans la mesure du possible, rédiger le procès-verbal et le diffuser 1 mois avant la réunion suivante.