Le conseil d'administration de la fédération est chargé de réaliser la compensation financière entre les institutions.

La compensation place chaque institution dans une situation de trésorerie identique à celle enregistrée au niveau global du régime. Elle conduit ainsi, selon le rythme de réalisation des opérations de retraite, à une redistribution entre les institutions de l'excédent ou du déficit de trésorerie du régime.

Pour sa réalisation, des transferts de fonds entre les institutions sont effectués par la fédération.