La gestion des contributions légales fait l'objet d'un suivi comptable distinct au sein, comme indiqué à l'article 10 du présent accord, de cinq sections financières : FPSPP, CIF, CPF, professionnalisation, plan de formation, taxe d'apprentissage.

Les contributions supplémentaires, conventionnelles et volontaires, font elles aussi l'objet d'un suivi comptable distinct.

Le FAFIH établit des comptes annuels selon les principes et méthodes comptables définis par la réglementation. Un bilan financier, quantitatif et qualitatif, comportant des informations sur son activité est diffusé auprès de l'administration du travail et du FPSPP après approbation du conseil d'administration.

Dès l'origine, le FAFIH a mis en place une comptabilité analytique au titre des contributions qu'il a été habilité à collecter. Ses ressources sont soit conservées en numéraire, soit déposées à vue, soit placées à court terme.