Les modalités d'organisation des commissions du CIE sont arrêtées chaque année, lors de la dernière réunion plénière du CIE précédant l'année concernée.
Lors de cette réunion, les membres de la plénière délibèrent, pour l'année suivante, sur :
– le nombre de commissions, leur dénomination et leurs missions exactes ;
– dans la limite globale de 200 jours ouvrés par année civile, la répartition des temps de réunion entre chaque commission et divisible par le nombre de membres.

Dans le mois suivant la réunion plénière, le secrétaire du CIE communique aux employeurs des membres des commissions ainsi qu'à BPCE SA, le calendrier annuel des réunions des différentes commissions ainsi constituées.

En cas de vacance d'un poste de remplaçant, l'organisation syndicale concernée procède à une nouvelle désignation par courrier adressé au CIE avec une copie adressée à BPCE SA et à l'entreprise du remplaçant désigné dans un délai minimal de 3 semaines qui précède la réunion suivante. Le calendrier des réunions est joint au courrier adressé à l'employeur. Cette désignation prend effet à compter de la réunion suivante de la commission concernée.