Dans le cadre de ses attributions nécessitant une délibération en application de la loi, notamment pour l'élaboration de la liste des formations éligibles au compte personnel de formation en application de l'article L. 6323-16 du code du travail, les délibérations de la CPNE sont adoptées en l'absence d'opposition d'au moins 50 % des membres, présents ou représentés, d'un des deux collèges de la commission.
La CPNE ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres de chacun des collèges est présente ou représentée.