En cas de maladie de longue durée prise en charge par la sécurité sociale, dans le cadre de l'article L. 322-3 (3° ou 4°) du code de la sécurité sociale, la durée d'indemnisation est portée, pour les salariés ayant au moins 10 années d'ancienneté, à 12 mois avec maintien du salaire mensuel de base à 100 %, puis à 12 mois avec maintien du salaire de base à 50 %.

Pour apprécier l'ancienneté, outre les périodes de présence effective au travail, sont validées les périodes d'absence qui, en application des dispositions légales, sont prises en compte pour les droits à l'ancienneté, ainsi que les périodes d'absence ayant donné droit à un maintien de salaire total ou partiel pour les durées prévues par la convention collective.

Le salaire mensuel de base est égal à 1/13 du salaire de base annuel contractuel défini à l'article 39 ou à 1/12 si le salaire est versé sur 12 mois.

Le complément de salaire ne peut permettre au salarié de recevoir un revenu de substitution global – indemnités journalières de sécurité sociale ou prestations en espèces versées par un tiers mandaté et complément employeur cumulés – supérieur (dans la limite de 100 % ou 50 % suivant le mode d'indemnisation) au salaire net qu'il aurait perçu, au titre du salaire mensuel de base, s'il avait travaillé pendant cette même période.