Chaque candidat bénéficie de plusieurs évaluations, dont une évaluation finale en présence du jury paritaire.
Les évaluations sont organisées conformément aux modalités indiquées dans le référentiel de certification de chaque CQP.
Le jury délivre le CQP lorsque sont validés tous les modules constitutifs du CQP.
Dans le cadre des formations en alternance et notamment du contrat de professionnalisation, dans le cas où le candidat n'a pas pu suivre la totalité de la formation, ou n'a pas pu satisfaire aux évaluations en cours de formation, l'inscription de celui-ci à l'examen peut être refusée.
Dans le cadre de la formation continue des salariés, ou de formations spécifiques dont notamment celles des demandeurs d'emploi, un organisme évaluateur des candidats est mandaté par l'ANFA, après avoir répondu à un cahier des charges établi par celle-ci. Cet organisme met en œuvre les critères et modalités d'évaluation définis dans les référentiels et utilise les outils d'évaluation de banche, notamment le dispositif « e-profil ».