Le fonctionnement et la gestion de l'OME sont assurés par un secrétaire général, salarié de l'OME et recruté par le conseil d'administration de l'OME.
Le secrétaire général de l'OME se trouve placé sous l'autorité hiérarchique du président et du vice-président.
Le secrétaire général de l'OME seconde le président et le vice-président dans l'exécution de leur mission. Il exécute les décisions du conseil d'administration.
Il participe aux réunions du conseil d'administration et à toute commission instituée par le conseil d'administration.
Il peut recevoir du président, avec l'approbation du conseil d'administration, les délégations nécessaires à l'exécution des missions de l'OME.
Il organise les services de l'OME.