Les agents comptables des organismes du régime social des indépendants perçoivent une indemnité de responsabilité annuelle dont le montant est déterminé en fonction des dépenses annuelles de l'organisme, définies comme le total des charges figurant aux comptes de résultats des différentes formes d'assurance ou dispositions à caractère social gérées, ainsi qu'aux comptes de la gestion administrative et de l'action sociale.
L'indemnité de responsabilité a pour fonction de permettre aux agents comptables de couvrir leur cotisation à une société de cautionnement mutuel, de couvrir le cas échéant la souscription d'un contrat d'assurances, et de se constituer propre assureur pour tout ou partie des débets non couverts par l'assurance. Elle est versée sur justification de l'adhésion à la société de cautionnement mutuel.
Le montant de l'indemnité de responsabilité est fixé selon le barème établi pour les agents comptables relevant de la convention collective nationale de travail des agents de direction et des agents comptables des organismes de la sécurité sociale et des allocations familiales, du 25 juin 1968.
Les agents comptables secondaires chargés de la tenue de la comptabilité d'une branche de l'organisme perçoivent une indemnité calculée en fonction des dépenses dont ils ont la responsabilité.
L'agent comptable qui exerce les mêmes fonctions dans plusieurs organismes perçoit l'indemnité immédiatement supérieure à la plus élevée des indemnités correspondant au chiffre des dépenses de chaque organisme dans lequel il exerce ses fonctions.
Il en va de même pour le cas où l'agent comptable d'une caisse a reçu délégation de l'agent comptable d'une autre caisse pour les cas d'empêchement, le supplément d'indemnité en résultant étant toutefois réduit au prorata de la durée du remplacement par rapport à l'année entière, avec un minimum de 20 €.