Dans le cadre des obligations légales, le licenciement devra être notifié par lettre recommandée avec avis de réception en termes non équivoques.
A compter de la présentation par le service postal de la lettre de licenciement, le délai-congé est fixé à 3 mois en l'absence d'agrément, et à 6 mois pour un agent agréé en application de l'article R. 123-48 du code de la sécurité sociale. Le délai-congé est supprimé en cas de faute grave ou en cas de faute lourde.
Le délai-congé peut être, avec accord de l'employeur, remplacé par une indemnité correspondante, calculée sur le salaire mensuel normal et appelée « indemnité de préavis ».
L'agent de direction licencié perçoit une indemnité représentant autant de fois son salaire mensuel normal qu'il compte d'années d'ancienneté. Cette indemnité ne peut cependant excéder la valeur de 18 fois ce salaire mensuel. Cette indemnité est supprimée en cas de faute grave et en cas de faute lourde.
L'agent de direction licencié perçoit également une indemnité compensatrice de congés payés proportionnelle aux droits acquis. Cette indemnité est supprimée en cas de faute lourde.
L'agent de direction licencié a droit, pendant le délai-congé, si celui-ci est effectivement travaillé, à 2 heures rémunérées par jour pour rechercher un nouvel emploi, ces heures pouvant être bloquées en tout ou partie à sa demande.
Aucune mesure de licenciement d'un agent de direction ne pourra intervenir dans les 6 mois suivant le renouvellement du conseil d'administration de l'organisme employeur, sauf au cas où la procédure disciplinaire visée à l'article R. 123-51 du code de la sécurité sociale ayant été appliquée aboutit à un retrait de l'agrément de l'agent de direction visé à l'article R. 123-48 du code de la sécurité sociale, ou en cas d'inaptitude médicale constatée.
Enfin, si la procédure de l'article R. 123-51 du code de la sécurité sociale ayant été préalablement observée, une mesure de licenciement est prise à l'égard d'un agent de direction plus de 6 mois et moins de 1 an suivant le renouvellement partiel ou total du conseil d'administration, le délai-congé est porté à 12 mois.