La commission est présidée alternativement, par période annuelle (les années paires par un représentant des employeurs, les années impaires par un représentant des salariés), par un représentant des employeurs et un représentant des salariés des organisations signataires désigné à la majorité de chaque collège.

Le secrétariat est tenu par France Parcs, où se situe son siège. La commission est toutefois compétente pour modifier ces dispositions sans qu'il y ait lieu à révision de la présente convention.