A l'issue de chaque phase, sur la base des résultats obtenus, l'acheteur décide :
1° Soit de poursuivre l'exécution du partenariat d'innovation, éventuellement après avoir précisé ou modifié, avec l'accord du partenaire, les objectifs de la phase suivante et les moyens à mettre en œuvre pour les atteindre. Les conditions initiales du partenariat d'innovation ne peuvent être substantiellement modifiées à cette occasion ;
2° Soit de mettre un terme au partenariat d'innovation ou, lorsqu'il existe plusieurs partenaires, de réduire leur nombre en mettant un terme à leurs contrats.
Le partenariat d'innovation mentionne cette prérogative de l'acheteur et définit les conditions de sa mise en œuvre, notamment ses conséquences financières et les modalités de sélection des partenaires avec lesquels il est décidé de poursuivre l'exécution du partenariat.
L'exécution de chaque phase est subordonnée à une décision de l'acheteur notifiée au partenaire dans les conditions fixées dans le partenariat d'innovation.

L'acheteur ne peut acquérir les produits, les services ou les travaux résultant des phases de recherche et de développement que s'ils correspondent aux niveaux de performance et n'excèdent pas les coûts maximum prévus par le partenariat d'innovation.