Sous réserve des cas où une autre autorité administrative est compétente pour y procéder, le préfet du département où doit se dérouler l'opération projetée en vue de laquelle l'enquête publique est demandée désigne, par arrêté, un commissaire enquêteur.
Lorsque cette opération doit se dérouler sur le territoire de plusieurs départements, cette désignation s'effectue par arrêté conjoint des préfets concernés.

Le préfet peut désigner une commission d'enquête dont il nomme le président, le cas échéant selon les modalités prévues au second alinéa de l'article R. 134-15. Les membres de la commission d'enquête sont nommés en nombre impair.

Le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête sont choisis parmi les personnes figurant sur les listes d'aptitude prévues à l'article L. 123-4 du code de l'environnement.
Ne peuvent être désignées pour exercer les fonctions de commissaire enquêteur ou de membre de la commission d'enquête ni les personnes appartenant à l'administration de la collectivité ou de l'organisme bénéficiaire de l'opération projetée ou participant à son contrôle ni les personnes intéressées à celle-ci, soit à titre personnel, soit en raison des fonctions qu'elles exercent ou qu'elles ont exercées depuis moins de cinq ans.

Le commissaire enquêteur et les membres de la commission d'enquête ont droit à une indemnité, à la charge du maître d'ouvrage, qui comprend des vacations et le remboursement des frais qu'ils engagent pour l'accomplissement de leur mission.

Sous réserve des cas où une autre autorité administrative les a désignés, le préfet ayant désigné le commissaire enquêteur ou les membres de la commission d'enquête détermine le nombre de vacations qui leur sont allouées sur la base du nombre d'heures que le commissaire enquêteur ou les membres de la commission déclarent avoir consacrées à l'enquête, en tenant compte des difficultés de l'enquête ainsi que de la nature et de la qualité du travail fourni.
Il arrête, sur justificatifs, le montant des frais qui sont remboursés au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête.
Il fixe le montant de l'indemnité, par un arrêté qu'il notifie au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête et au maître d'ouvrage.
Lorsque le projet en vue duquel l'enquête publique est demandée doit se dérouler sur le territoire de plusieurs départements, la détermination de l'indemnisation s'effectue par arrêté conjoint des préfets concernés selon les modalités définies par les alinéas qui précèdent.

Le maître d'ouvrage verse sans délai au commissaire enquêteur ou aux membres de la commission d'enquête le montant de l'indemnité arrêté conformément à l'article R. 134-19.

Un arrêté conjoint des ministres chargés, respectivement, de l'environnement, de l'équipement et du budget et du ministre de l'intérieur fixe les modalités de calcul de l'indemnité.