L'institut est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Par dérogation à l'article 188 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, l'Institut national des hautes études de la sécurité et de la justice et l'Institut des hautes études de la défense nationale peuvent constituer un groupement comptable, après accord de leurs conseils d'administration, dans les conditions prévues au présent article.

Une convention entre les deux établissements précise les modalités de fonctionnement et le siège du groupement comptable.

Un poste comptable unique est créé dans l'établissement siège du groupement. L'agent comptable de cet établissement, agent comptable du groupement, est chargé de tenir la comptabilité de chacun des deux établissements membres du groupement.

L'agent comptable du groupement est personnellement et pécuniairement responsable des opérations comptables effectuées par le personnel commun aux deux établissements et placé sous son autorité.

Les ressources de l'établissement comprennent notamment :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations qui lui sont attribués par l'Etat, les collectivités territoriales, les établissements publics, l'Union européenne ainsi que par toute autre personne physique ou morale, publique ou privée ;
2° Les contributions des auditeurs, des participants et de toute personne bénéficiant des services de l'institut ;
3° Le produit de la taxe d'apprentissage versée par les assujettis et les produits de la formation professionnelle continue dans les conditions définies par les lois et règlements ;
4° Les produits résultant de prestations d'études ou de recherches pour le compte de tiers ainsi que les ressources provenant des activités de formation continue ou de l'organisation de manifestations diverses ;
5° Les revenus des biens et participations de l'institut ;
6° Les produits de l'exploitation des brevets et licences ;
7° Le produit de la vente des publications ;
8° Les dons et les legs ;
9° Le produit des aliénations.

Les dépenses de l'institut comprennent les dépenses de personnel ainsi que les vacations payées aux conférenciers et aux enseignants, les charges de location, d'équipement, de fonctionnement, de représentation, d'entretien, de sécurité et, de manière générale, toutes les dépenses nécessaires à ses activités.

L'institut peut prendre des participations financières et créer des filiales dans le cadre des missions énumérées à l'article R. 123-2 en vue, notamment, d'assurer la valorisation du produit de ses recherches.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être créées auprès de l'établissement dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics. Les régisseurs sont désignés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.