L'administration du port est assurée par un conseil d'administration, assisté d'un directeur.

Le conseil d'administration est composé dans les conditions et suivant les modalités déterminées par un décret en Conseil d'Etat :

- pour moitié : de membres désignés par les chambres de commerce et d'industrie et les collectivités locales de la circonscription et de représentants du personnel de l'établissement public et des ouvriers du port ;

- pour moitié : de membres représentant l'Etat et de personnalités choisies parmi les principaux usagers du port ou désignées en raison de leur compétence dans les problèmes portuaires, de la navigation maritime, des transports, de l'économie régionale ou de l'économie générale.

Le conseil d'administration élit un président qui est choisi parmi ses membres.

Les membres autres que ceux désignés par les chambres de commerce et d'industrie et les collectivités locales sont nommés par décret.

Les représentants du personnel de l'établissement public et des ouvriers du port sont choisis sur les listes établies par chacune des organisations syndicales les plus représentatives.

Le directeur du port est nommé par décret en conseil des ministres.

Les fonctionnaires mis à la disposition de l'administration du port pour occuper des emplois dans ses services peuvent être placés dans la position de détachement ou, à leur demande, dans la position hors cadres prévue par le chapitre V de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et de la loi n° 84-53 du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale.

Tout membre du personnel ouvrier tributaire du régime de retraite défini par le décret n° 65-836 du 24 septembre 1965 modifié relatif aux pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat, qui passe au service du port autonome, a la faculté d'opter pour la conservation de son statut ou pour son rattachement au régime du personnel du port autonome.

Un décret en Conseil d'Etat fixe les modalités d'application du présent article.

Sous réserve des dispositions prévues à l'article L. 112-4, le personnel du port autonome est soumis au régime des conventions collectives. Le personnel des concessions d'outillage public des chambres de commerce et d'industrie de la circonscription du port autonome en service à la date de création de ce dernier, est intégré dans les services correspondants du port autonome, sans que puisse être diminuée la garantie qui lui était attribuée au même moment en ce qui concerne les conditions d'emploi, de rémunération et de retraite.

Le personnel des ports maritimes autonomes du Havre et de Bordeaux, existant à la date du 29 juin 1965, bénéficie de la garantie mentionnée à l'article précédent.