Le conseil national se réunit sur convocation de son président, au moins deux fois par an. Il délibère sur un ordre du jour arrêté par celui-ci, après avis du ministre chargé de l'emploi ou de son représentant.

La permanence et la coordination des travaux du conseil national sont assurées par un bureau qui comprend, outre le président et les vice-présidents :
1° Un représentant des régions, un représentant des départements et un représentant des communes désignés par le Premier ministre parmi les membres du conseil, sur proposition respectivement de l'Association des régions de France, de l'Assemblée des départements de France et de l'Association des maires de France ;
2° Onze présidents de missions locales désignés par le Premier ministre parmi les membres du conseil, sur proposition du ministre chargé de l'emploi ;
3° Les représentants des ministres chargés de l'emploi, des affaires sociales, de l'éducation nationale, de la justice, de la jeunesse et de l'agriculture.

Le directeur général de l' institution mentionnée à l'article L. 5312-1 du code du travail ou son représentant et le directeur de l'Association nationale pour la formation professionnelle des adultes ou son représentant participent aux réunions du bureau.

Le secrétariat du conseil national, de son bureau et de ses groupes de travail est assuré par un secrétaire général, assisté de collaborateurs qui peuvent le représenter dans les groupes de travail.
Le secrétaire général est nommé par le Premier ministre, sur proposition du ministre chargé de l'emploi.