Le médecin du travail établit chaque année, selon les modalités prévues par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail, un rapport d'activité qu'il présente au comité technique paritaire.
Ce rapport, assorti de l'avis du comité technique paritaire, est transmis au chef d'établissement ou au secrétaire général du syndicat et au médecin inspecteur du travail dans un délai d'un mois à compter de sa présentation.
Le chef d'établissement ou le secrétaire général du syndicat adresse une copie du rapport au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail, à l'assemblée gestionnaire et à l'autorité de tutelle.

Au moment de la visite d'embauche, le médecin du travail constitue un dossier médical, qui est complété après chaque examen médical ultérieur. Toutes dispositions sont prises pour assurer le secret médical et l'inviolabilité du fichier tenu par le médecin.
Lorsqu'un agent en fait la demande, un double de ce dossier est remis à son médecin traitant.

Lorsque l'agent quitte l'établissement ou le syndicat, un double du dossier médical peut être remis, avec son accord, au médecin chargé de la protection médicale du personnel dans sa nouvelle affectation.
En cas de refus de cet accord, la liste des vaccinations pratiquées et les résultats des tests tuberculiniques sont transmis.

Le médecin du travail établit, à l'issue de chacun des examens médicaux prévus à la sous-section 2 de la section 4, une fiche médicale d'aptitude, dans la forme prévue par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail.
Cette fiche ne contient aucun renseignement sur la nature des affections dont l'agent serait ou aurait été atteint. Elle mentionne uniquement les contre-indications ou les recommandations concernant l'affectation éventuelle à certains postes de travail.
Elle est établie en double exemplaire, dont l'un est remis à l'agent et l'autre conservé dans son dossier administratif.