Le service de santé au travail est organisé comme suit :
1° Dans les établissements de plus de mille cinq cents agents, sous la forme d'un service propre à l'établissement ;
2° Dans les établissements comptant mille cinq cents agents et moins :
a) Soit sous la forme d'un service propre à l'établissement ;
b) Soit sous la forme d'un service commun à plusieurs établissements ;
c) Soit par convention avec un service de santé au travail interentreprises tel que défini aux articles D. 4622-22 et suivants lorsque la création d'un service propre ou d'un service commun se révèlerait impossible.

Lorsqu'en application du b du 2° de l'article D. 4626-2, le service de santé au travail est commun à plusieurs établissements, il peut être géré par l'un des établissements.

L'effectif à prendre en considération pour l'organisation du service de santé au travail est l'effectif réel de l'ensemble des agents y compris les personnels médicaux, employés dans l'établissement au 31 décembre de la dernière année civile.

Lorsque le service de santé au travail est commun à plusieurs établissements, le montant total des dépenses est réparti, en fin d'année, entre les établissements intéressés proportionnellement au nombre d'agents employés par chacun d'eux.

Le chef d'établissement établit chaque année un rapport sur l'organisation, le fonctionnement et la gestion financière du service de santé au travail. Il est élaboré selon un modèle fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail.

Le rapport annuel est présenté pour avis au comité technique et au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail. Il est transmis, assorti des avis et observations de ces comités, dans un délai de deux mois à compter de sa présentation :
1° A l'assemblée gestionnaire ;
2° A l'autorité de tutelle ;
3° Au médecin inspecteur du travail et à l'inspecteur du travail.

Les dispositions de l'article D. 4626-7 s'appliquent lorsque l'établissement ou le syndicat a conclu une convention avec un service de santé au travail interentreprises.
Lorsqu'un service de santé au travail est commun à plusieurs établissements, un rapport commun est établi. Il retrace l'activité du service commun dans chacun des établissements concernés. Un exemplaire de ce rapport est adressé au chef d'établissement, à l'assemblée gestionnaire, au comité technique, au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail de chaque établissement ainsi qu'aux destinataires prévus aux 2° et 3° de l'article précité.

Le médecin du travail est informé par le chef d'établissement de toute déclaration de maladie professionnelle, de maladie contractée pendant le travail et d'accident du travail.
Il établit, s'il l'estime nécessaire, un rapport sur les mesures à prendre pour éviter la répétition de tels faits. Ce rapport est adressé au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail ainsi qu'au chef d'établissement qui en adresse copie à l'autorité de tutelle, à l'inspecteur du travail et au médecin inspecteur du travail.

Le médecin du travail consacre à ses missions en milieu de travail le tiers de son temps de travail.

Le médecin du travail assiste, avec voix consultative, aux réunions du comité technique lorsque l'ordre du jour de ce dernier comporte des questions intéressant la santé, la sécurité et les conditions de travail.

Le médecin du travail établit chaque année, selon les modalités prévues par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail, un rapport d'activité qu'il présente au comité technique.
Ce rapport, assorti de l'avis du comité technique, est transmis au chef d'établissement ou au secrétaire général du syndicat et au médecin inspecteur du travail dans un délai d'un mois à compter de sa présentation.
Le chef d'établissement ou le secrétaire général du syndicat adresse une copie du rapport au comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail, à l'assemblée gestionnaire et à l'autorité de tutelle.

Au moment de la visite d'embauche, le médecin du travail constitue un dossier médical, qui est complété après chaque examen médical ultérieur. Toutes dispositions sont prises pour assurer le secret médical et l'inviolabilité du fichier tenu par le médecin.
Lorsqu'un agent en fait la demande, un double de ce dossier est remis à son médecin traitant.

Lorsque l'agent quitte l'établissement ou le syndicat, un double du dossier médical peut être remis, avec son accord, au médecin chargé de la protection médicale du personnel dans sa nouvelle affectation.
En cas de refus de cet accord, la liste des vaccinations pratiquées et les résultats des tests tuberculiniques sont transmis.

Le médecin du travail établit, à l'issue de chacun des examens médicaux prévus à la sous-section 2 de la section 4, une fiche médicale d'aptitude, dans la forme prévue par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail.
Cette fiche ne contient aucun renseignement sur la nature des affections dont l'agent serait ou aurait été atteint. Elle mentionne uniquement les contre-indications ou les recommandations concernant l'affectation éventuelle à certains postes de travail.
Elle est établie en double exemplaire, dont l'un est remis à l'agent et l'autre conservé dans son dossier administratif.