Sur le territoire douanier, des zones franches sont prévues par la loi du 27 décembre 1933 portant fixation de l'organisation douanière et fiscale des zones franches du pays de Gex et de la Haute-Savoie.

Outre celles mentionnées à l'article L. 123-1, pour l'application de l'article 243 du code des douanes de l'Union, des zones franches peuvent être instituées par décret en Conseil d'Etat après avis des collectivités territoriales et des établissements publics concernés.
Ce décret détermine le périmètre de chaque zone ainsi que ses points d'accès et de sortie.