Le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur est soumis aux règles budgétaires et comptables publiques. Ces règles, précisées dans le règlement comptable et financier mentionné à l'article R. 114-4, sont définies conformément aux articles 18 à 20,24,29,38,50 à 52,54,59,168,175 à 183,192 à 196,198 à 212 et 214 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations du collège relatives au budget et à ses modifications sont adressées pour information aux ministres chargés de la recherche, de l'enseignement supérieur et du budget.

Le Haut Conseil est doté d'un agent comptable, nommé par arrêté des ministres chargés du budget, de la recherche et de l'enseignement supérieur, après avis du président du Haut Conseil.
Le contrôle de la gestion de l'agent comptable est assuré par le directeur régional des finances publiques d'Ile-de-France.

Les recettes du Haut Conseil sont notamment :
1° Les subventions de toute nature ;
2° Les ressources propres ;
3° Les dons et legs ;
4° Toute recette prévue par les lois et règlements.

Les frais occasionnés par les déplacements et les séjours des membres du collège, des agents et des experts sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.