L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.

L'agence gère, au sein d'une comptabilité distincte, le fonds mentionné au 17° de l'article R. 20-44-11, alimenté par la contribution additionnelle à l'imposition forfaitaire sur les entreprises de réseaux applicable aux stations radioélectriques mentionnée à l'article 1609 decies du code général des impôts ainsi que par les revenus du placement de cette contribution ; les dépenses comprennent le coût des mesures ainsi que les coûts complets supportés par l'agence pour la gestion du dispositif.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier dont les attributions sont précisées par arrêté du ministre chargé des communications électroniques et du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'agence sont :

1° Les subventions publiques ;

2° Le produit de la redevance mentionnée à l'article L. 97-2 ;

3° La rémunération des services rendus ;

4° Les revenus du portefeuille ;

5° Le produit des dons et legs ;

6° Le produit de la taxe mentionnée au I bis de l'article L. 43.

L'agence perçoit au bénéfice du fonds de réaménagement du spectre les contributions des personnes publiques ou privées versées à des fins de réaménagement du spectre.

Les fonds de l'agence ainsi que ceux du fonds de réaménagement du spectre sont placés dans les conditions définies à l'article 197 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées après avis du contrôleur budgétaire dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 ou après son accord dans les conditions fixées par l'arrêté du 23 décembre 1992 relatif aux conditions dans lesquelles les directeurs d'établissements publics nationaux peuvent instituer des régies d'avances et des régies de recettes.