La première réunion du Conseil supérieur intervient dans le mois suivant la proclamation des résultats de l'élection des représentants du personnel.

Le Conseil supérieur se réunit sur convocation de son président à l'initiative de ce dernier, du ministre de la justice ou à la demande écrite d'au moins trois des cinq membres élus et, dans ce cas, dans le délai de deux mois à compter de cette demande.

L'acte portant convocation fixe l'ordre du jour. Les questions entrant dans la compétence du Conseil supérieur dont l'examen est demandé par au moins trois représentants du personnel sont inscrites à l'ordre du jour.

Les membres du Conseil supérieur ainsi que les personnes qui, à un titre quelconque, assistent aux délibérations sont soumis à l'obligation de discrétion professionnelle.

Le président du Conseil supérieur désigne pour chaque affaire un rapporteur qui peut être le secrétaire général des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel ou l'un des membres du conseil. Lorsque le Conseil supérieur émet une proposition, le dossier au vu duquel il se prononce est rapporté par le secrétaire général du Conseil d'Etat et comporte l'avis écrit du conseiller d'Etat, chef de la mission permanente d'inspection des juridictions administratives. En accord avec le président, les rapporteurs peuvent être assistés d'experts.

Lorsque le Conseil supérieur statue sur les questions d'ordre individuel relatives à la situation administrative des membres du corps des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel, seuls siègent parmi les membres élus ceux qui détiennent un grade supérieur ou égal à celui du magistrat intéressé. Toutefois, cette règle ne s'applique pas à l'examen des demandes de mutation des conseillers et premiers conseillers.

Lorsque la situation de l'un des membres élus du Conseil supérieur est susceptible d'être évoquée à l'occasion de l'examen d'une question figurant à l'ordre du jour, le magistrat intéressé ne participe pas à la réunion.

Le Conseil supérieur émet ses avis et ses propositions à la majorité des suffrages exprimés.

Pour les affaires individuelles, le vote a lieu à bulletin secret si l'un des membres le réclame. Le vote à bulletin secret est de droit en matière disciplinaire.

Un procès-verbal est établi après chaque séance du Conseil supérieur, par les soins du secrétaire général des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel. Il est signé par le secrétaire général et par le président.

Le ministre de la justice est immédiatement informé des propositions et avis émis par le Conseil supérieur par son président. Le procès-verbal des délibérations lui est communiqué dès sa signature.

Les membres du Conseil supérieur ne perçoivent aucune indemnité du fait de leurs fonctions au Conseil supérieur. Toutefois, ils sont indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour dans les conditions fixées par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006.