Chaque année, la Cour des comptes établit un rapport sur l'application des lois de financement de la sécurité sociale conjoint au dépôt du projet de loi d'approbation des comptes de la sécurité sociale. Ce rapport comprend l'avis de la cour mentionné au 2° de l'article LO 111-4-6 du code de la sécurité sociale. Ce rapport présente, en outre, une analyse de l'ensemble des comptes des organismes de sécurité sociale soumis à son contrôle et fait une synthèse des rapports et avis émis par les organismes de contrôle placés sous sa surveillance.

Les réponses faites aux observations de la Cour des comptes sont jointes au rapport.

La Cour des comptes peut être saisie, par les commissions parlementaires saisies au fond des projets de loi de financement de la sécurité sociale, de toute question relative à l'application des lois de financement de la sécurité sociale et procède, dans ce cadre et à la demande de ces commissions, aux enquêtes sur les organismes soumis à son contrôle. Les conclusions de ces enquêtes sont communiquées dans un délai de huit mois après la formulation de la demande à la commission dont la demande d'enquête émane. La commission statue sur leur publication.

La Cour des comptes établit, en liaison avec les chambres régionales des comptes, un programme trisannuel des travaux à mener notamment sur l'évaluation comparative des coûts et des modes de gestion des établissements sanitaires et médico-sociaux financés par l'assurance maladie, quel que soit leur statut public ou privé. Elle en rend compte dans le rapport mentionné à l'article LO 132-3.