La commission nationale fixée par l'arrêté du 18 février 2015 susvisé constitue le bureau de vote électronique.
Après avoir bénéficié d'une formation, les membres de la commission nationale sont chargés du contrôle de la régularité des scrutins et des opérations électorales qui leur sont dévolues par le décret du 26 mai 2011 et l'article 2 de l'arrêté du 18 février 2015 susvisé.
Ils peuvent accéder durant la période de déroulement du scrutin à la liste d'émargement et au compteur des votes à des fins de contrôle du déroulement du scrutin, à l'aide de l'identifiant personnel qui leur a été communiqué.
Les décisions sont prises à la majorité des voix des présents. En cas de partage égal des voix, le président a voix prépondérante.

Le scellement des urnes a lieu le mercredi 28 mai 2025.
Lors de la réunion de scellement, les membres du bureau de vote présents se connectent et génèrent chacun à tour de rôle, le mot de passe associé à leur fragment de clé de chiffrement. Ce mot de passe peut être inventé par le détenteur ou être généré aléatoirement par le système et transmis par SMS. Les fragments de clé de déchiffrement sont conservés sous la responsabilité de chacun des détenteurs et connus que de leurs seuls détenteurs.
Au moins trois clés de chiffrement sont éditées et attribuées à au moins trois membres de la commission nationale dont le président et au moins deux délégués de liste en présence.
Avant de procéder au scellement des urnes, la commission nationale :

- vérifie que les listes de candidats sont bien renseignées ;
- vérifie que les professions de foi et les logos sont bien renseignés ;
- procède à la création des clés de chiffrement ;
- procède à un vote à blanc pour contrôler le système de vote électronique et le système de dépouillement et remet les compteurs à zéro ;
- procède au scellement du système de vote électronique, de la liste des candidats, de la liste des électeurs, des heures d'ouverture et de fermeture du scrutin ainsi que du système de dépouillement.

Avant l'ouverture des scrutins, la commission nationale vérifie :

- que l'urne électronique est vide, scellée et chiffrée, par des clés de chiffrement délivrées à cet effet ;
- que les composantes du système de vote électronique, ayant fait l'objet d'une expertise, n'ont pas été modifiées et s'assure que les tests ont été effectués.

Le scellement des urnes est effectué par la combinaison d'au moins trois fragments de clé de chiffrement, dont celle du président et celle d'au moins deux délégués de liste.
La séance, au cours de laquelle il est procédé au scellement, se déroule au ministère chargé de l'enseignement supérieur et de la recherche et est ouverte aux électeurs dans les modalités fixées par arrêté.

Après 12 heures, heure de Paris, le vendredi 6 juin 2025, aucune procédure de vote ne peut être lancée.
Toutefois, l'électeur connecté sur le système de vote avant l'heure de clôture peut valablement mener jusqu'à son terme la procédure de vote jusqu'à 12 h 15, heure de Paris.

La commission nationale et le prestataire procèdent à la clôture du scrutin, le vendredi 6 juin 2025 à 12 h 15, heure de Paris.
Dès la clôture du scrutin, le contenu des urnes, les listes d'émargement et les états courants générés par les serveurs sont figés, horodatés et scellés automatiquement sur l'ensemble des serveurs dans des conditions garantissant la conservation des données. La commission nationale contrôle, avant le dépouillement, le scellement du système.
La présence du président de la commission nationale ou du secrétaire et d'au moins deux délégués de liste parmi les détenteurs de clés est indispensable pour procéder au dépouillement des voix.
Les membres du bureau de vote saisissent à tour de rôle le mot de passe associé à leur fragment de la clé de chiffrement afin de déverrouiller le système de vote.

La commission nationale établit un procès-verbal dans lequel sont consignés les constatations faites au cours des opérations de vote et, le cas échéant, les événements survenus durant le scrutin, les interventions effectuées sur le système électronique de vote, ainsi que les résultats du vote électronique par internet.
Le procès-verbal du vote mentionne le nombre de voix obtenues par chacune des listes de candidats et la répartition des sièges entre elles.

La commission nationale procède à la proclamation des résultats. Ces résultats sont mis en ligne sur le site internet du ministère chargé de l'enseignement supérieur le vendredi 6 juin 2025.