Les préfets exercent, dans les régions, les départements et les collectivités territoriales régies par l'article 74 de la Constitution, les pouvoirs et missions prévus par le dernier alinéa de l'article 72 de la Constitution ainsi que, notamment, par les décrets du 16 janvier 2002, du 29 avril 2004 et du 22 décembre 2005 susvisés.
Les emplois de préfet sont des emplois supérieurs relevant de l'article L. 341-1 du code général de la fonction publique.
Les décrets nommant dans les emplois de préfet sont pris sur proposition du Premier ministre, du ministre de l'intérieur et, pour les emplois en outre-mer, du ministre chargé de l'outre-mer.
La nomination dans un emploi de préfet d'une personne n'ayant jamais occupé un tel emploi est précédée de l'avis du comité consultatif prévu à l'article 3.

La durée maximale d'exercice continu des fonctions de préfet est de neuf ans, quel que soit le nombre d'emplois occupés pendant cette période. Lorsque la durée entre deux affectations dans des emplois de préfet est inférieure à deux ans, ces deux affectations sont comptabilisées comme relevant d'un exercice continu des fonctions.

Un comité consultatif est chargé de formuler un avis sur l'aptitude professionnelle des personnes susceptibles d'être nommées pour la première fois dans un emploi de préfet.
Sa composition est conforme aux prescriptions de l'article L. 325-17 du code général de la fonction publique.
Présidé par le président du Conseil supérieur de l'appui territorial et de l'évaluation ou son représentant, ce comité comprend, en outre :
1° Le secrétaire général du ministère de l'intérieur ou son représentant ;
2° Le délégué interministériel à l'encadrement supérieur de l'Etat ou son représentant ;
3° Une personne, qui n'est placée ni sous l'autorité du ministre de l'intérieur ni sous celle du ministre chargé de l'outre-mer, qualifiée en raison de ses compétences en matière de ressources humaines, choisie sur une liste établie par le ministre chargé de la fonction publique.
L'avis mentionné au premier alinéa est communiqué au Premier ministre et aux ministres mentionnés au troisième alinéa de l'article 1er.

Au moins deux tiers des emplois de préfet sont occupés par des personnes justifiant de plus de cinq années de services dans plusieurs postes territoriaux d'encadrement supérieur au sein des services déconcentrés de l'Etat, de la fonction publique territoriale, de la fonction publique hospitalière ou d'établissements publics en relevant, dont au moins trois années en qualité de sous-préfet.

Les emplois de préfet sont répartis en quatre groupes.
Le groupe I comprend les emplois de préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris et de préfet de police de Paris.
Le groupe II comprend les emplois de préfet de région, à l'exception de l'emploi de préfet de la région d'Ile-de-France, préfet de Paris et des emplois de préfet de région outre-mer.
Le groupe III comprend les emplois de préfet de département et les emplois de préfet de région outre-mer. Les emplois de haut-commissaire de la République en Nouvelle-Calédonie, de haut-commissaire de la République en Polynésie française, de préfet, administrateur supérieur des îles Wallis et Futuna et de préfet, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises sont assimilés aux emplois de préfet du groupe III.
Le groupe IV comprend les autres emplois de préfet et de préfet délégué.
Le nombre d'emplois de préfet relevant du groupe IV est fixé par arrêté conjoint du ministre de l'intérieur, du ministre chargé de l'outre-mer, du ministre chargé de la fonction publique et du ministre chargé du budget.