Au 1er janvier 2022, l'Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (l'Institut Agro) se substitue, pour l'ensemble de ses missions, à l'Institut national supérieur des sciences agronomiques, de l'alimentation et de l'environnement (Agrosup Dijon).
Les biens, droits et obligations, notamment les contrats des agents, de Agrosup Dijon, sont dévolus à l'Institut Agro.
Les fonctionnaires et les agents contractuels rémunérés par l'Etat, précédemment affectés au sein de Agrosup Dijon, sont affectés à l'Institut Agro.
Les étudiants inscrits à Agrosup Dijon poursuivent leur scolarité et sont inscrits au sein de l'Institut Agro.
L'Institut Agro comprend trois écoles internes dénommées : « Ecole nationale d'études supérieures agronomiques de Montpellier (Institut Agro Montpellier) », « Ecole nationale supérieure des sciences agronomiques, agroalimentaires, horticoles et du paysage (Institut Agro Rennes-Angers) » et « Ecole nationale supérieure des sciences agronomiques, de l'alimentation et de l'environnement (Institut Agro Dijon) ». Cette organisation peut être modifiée selon les modalités mentionnées à l'article 5 du décret du 26 décembre 2019 susvisé.

Le compte financier de Agrosup Dijon relatif à l'exercice 2021 est établi par l'agent comptable en fonction au 31 décembre 2021 au sein de cet établissement et approuvé par le conseil d'administration de l'Institut Agro.
Le conseil d'administration de l'Institut Agro délibère avant le 31 janvier 2022 sur le budget propre intégré de l'école interne Institut Agro Dijon.
Le directeur général et le secrétaire général de Agrosup Dijon deviennent respectivement directeur et secrétaire général de l'école interne Institut Agro Dijon jusqu'au terme de leur mandat en cours.

Par dérogation aux 1° et 2° de l'article 8 du décret du 26 décembre 2019 susvisé, en vue du prochain renouvellement des membres du conseil d'administration, celui-ci comprend pour un unique mandat trente-huit membres :
1° Dix-neuf membres de droit ou nommés :
a) Le directeur général de l'enseignement et de la recherche au ministère chargé de l'agriculture et le directeur général de l'enseignement supérieur et de l'insertion professionnelle au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou leurs représentants ;
b) Le président-directeur général de l'Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement ou son représentant ;
c) Trois présidents d'universités dont le siège est situé dans les académies d'implantation des écoles internes et avec lesquelles l'institut est associé ou lié par une convention ou leurs représentants ;
d) Trois présidents de conseils d'écoles internes désignés conformément au règlement intérieur de l'institut ou leurs représentants ;
e) Dix personnalités qualifiées représentatives des professions et des activités éducatives, économiques et de recherche présentant un lien avec les missions de l'institut, dont un directeur d'établissement public local d'enseignement et de formation professionnelle agricole, deux personnalités désignées sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et une personnalité désignée sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
2° Dix-neuf membres élus :
a) Trois représentants des professeurs et personnels assimilés ;
b) Six représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;
c) Six représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service et des personnels scientifiques ;
d) Quatre représentants des étudiants inscrits dans l'institut.