Les agents de la commission et les personnes lui prêtant leur concours, appelés dans le cadre de l'exécution de leur mission, à prendre connaissance d'informations classifiées au titre de la protection du secret de défense nationale, doivent y être habilités par le Premier ministre dans les conditions fixées par le code de la défense.
Les agents de la commission et les personnes lui prêtant leur concours, appelés à effectuer les visites ou les vérifications portant sur les traitements relevant de l'article 31 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée, doivent y être habilités par le Premier ministre, sur proposition du président de la commission, après une enquête administrative, dans les conditions prévues par l'article L. 114-1 du code de la sécurité intérieure, vérifiant que la moralité ou le comportement de ces personnes n'est pas incompatible avec l'exercice de leurs missions et la consultation de ces fichiers.

Le président de la Commission nationale de l'informatique et des libertés fait connaître, chaque année, au Premier ministre les nom et qualité des membres, des agents de la commission et des personnes lui prêtant leur concours, désignés pour procéder à toutes investigations concernant les traitements relevant de l'article 31 de la loi du 6 janvier 1978 susvisée.