Dans la conception et la mise en œuvre de leur projet, les maîtres d'ouvrage doivent définir les mesures adaptées pour éviter, réduire et, lorsque c'est nécessaire et possible, compenser leurs impacts négatifs significatifs sur l'environnement.
L'implantation des nouvelles installations et nouveaux ouvrages doit être compatible avec les caractéristiques des milieux aquatiques ainsi qu'avec les objectifs fixés par le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et le schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE), lorsqu'ils existent.

Le projet de construction d'un nouvel ouvrage est établi en réduisant au maximum son impact sur la continuité écologique par des dispositifs de franchissement ou des mesures de gestion adaptées aux enjeux du cours d'eau.
Les enjeux relatifs au rétablissement de la continuité écologique sont examinés dans le document d'incidence et le pétitionnaire propose les mesures à mettre en œuvre au regard de cet examen. Le choix des moyens d'aménagement ou de gestion doit tenir compte des principes d'utilisation des meilleures techniques disponibles ainsi que de proportionnalité des corrections demandées au regard de l'impact de chaque ouvrage et de proportionnalité des coûts par rapport aux avantages attendus.
La réduction d'impact sur la continuité piscicole peut ne pas nécessiter l'aménagement d'un dispositif de franchissement à la montaison ou à la dévalaison, dès lors que le pétitionnaire démontre que cette continuité est garantie, sans un tel dispositif, à un niveau suffisant pour permettre l'accomplissement du cycle biologique des poissons migrateurs et garantir le brassage génétique et la diversité des structures d'âge.
L'exigence d'efficacité du franchissement est maximale pour les espèces amphihalines, compte tenu des effets liés au cumul d'obstacles sur leurs migrations.
La prise en compte d'une espèce amphihaline est appréciée au regard de sa présence effective dans la section de cours d'eau où l'ouvrage est projeté ou du calendrier programmé de reconquête de cette section par cette espèce à l'issue d'un plan ou programme de restauration de sa migration adopté ou en cours à l'aval de cette même section.
La réduction de l'impact sur la continuité sédimentaire vise à assurer le bon déroulement du transport sédimentaire en évitant autant que possible les interventions au moyen d'engins de chantier.
Ces dispositions sont également applicables dans le cadre :

-des renouvellements d'autorisations ;
-des modifications d'ouvrages ou installations existants conduisant à une augmentation de la hauteur du seuil ou du barrage, si cette augmentation est susceptible d'avoir des impacts négatifs sur la continuité écologique ;
-des modifications d'ouvrages ou installations existants conduisant à une nouvelle autorisation.

Dans ces trois cas, sur les cours d'eau non classés au titre de l'article L. 214-17 du code de l'environnement, l'autorité administrative peut dispenser de la mise en place d'un dispositif de franchissement à la montaison ou à la dévalaison, si le pétitionnaire justifie dans le document d'incidences qu'il n'existe aucun dispositif techniquement réalisable à un coût économiquement acceptable au regard des avantages attendus pour les poissons migrateurs et qu'il met en œuvre des mesures particulières de réduction ou de compensation des incidences.

Les remises en service d'installations, les demandes de modifications, notamment lorsqu'elles conduisent à une augmentation de l'usage de la ressource en eau, sont conditionnées au respect de leurs obligations en matière de sécurité publique, de débit minimum biologique prévu par l'article L. 214-18 du code de l'environnement, et de continuité écologique sur les cours d'eau classés au titre de l'article L. 214-17 de ce même code, ainsi qu'au regard de toute prescription particulière dont ils font l'objet.

Le projet comprend, dans le respect des principes généraux fixés à l'article 5 ci-dessus, des mesures visant à compenser l'impact résiduel significatif lié à l'opération et notamment celui lié, à l'augmentation de l'effet d'étagement sur le cours d'eau, à la création d'une retenue, à la création d'un obstacle à la continuité écologique ou à la création d'un tronçon court-circuité.
Ces mesures peuvent consister notamment en des actions et des financements d'actions, de préférence dans le tronçon du cours d'eau hydromorphologiquement homogène, visant l'amélioration des fonctionnalités des milieux aquatiques (suppression d'obstacles, restauration d'annexes alluviales, mobilité latérale, transition terre-eau, frayères, etc.) ou de l'état écologique de la masse d'eau.

Lorsqu'il est rendu nécessaire pour le respect des principes définis aux articles 6 et 7 ci-dessus, l'aménagement d'un dispositif assurant la continuité piscicole à la montaison est réalisé en tenant compte des capacités physiques des espèces cibles pour lesquelles l'aménagement est dimensionné. Il en est de même pour la définition d'éventuelles modalités de gestion.
Un débit d'attrait complémentaire et suffisant est, le cas échéant, restitué à l'aval du dispositif de franchissement de l'ouvrage de manière à guider les poissons migrateurs vers l'entrée de ce dispositif. Cette mesure peut être complétée, au besoin, par un dispositif empêchant la pénétration du poisson dans le canal de fuite de l'installation et tout autre organe hydraulique attirant le poisson sans lui offrir d'issue (défeuillage, surverse secondaire…).

Lorsqu'il est rendu nécessaire pour le respect des principes définis aux articles 6 et 7 ci-dessus, l'aménagement d'un dispositif assurant la continuité piscicole à la dévalaison est réalisé de manière à assurer l'innocuité du passage par les ouvrages évacuateurs ou de surverse et à éviter l'entrainement ou la mortalité des poissons dans les éventuelles prises d'eau

Dès lors que l'installation est utilisée pour la production d'hydroélectricité, la continuité piscicole à la dévalaison peut être également garantie :
- soit par une turbine ichtyocompatible ;
- soit par une prise d'eau ichtyocompatible.

Une turbine est considérée comme ichtyocompatible si elle garantit une mortalité quasi nulle pour les espèces transitant dans la turbine. L'ichtyocompatibilité d'une turbine doit être validée par plusieurs tests conduits pour l'ensemble des espèces cibles et, le cas échéant, pour différentes gammes de tailles et dans plusieurs configurations de fonctionnement en fonction du débit.
Une prise d'eau est considérée comme ichtyocompatible si la pénétration des poissons vers la turbine est rendue impossible par l'installation d'un plan de grilles dont l'inclinaison, la vitesse et l'espacement des barreaux sont compatibles avec les capacités de franchissement des espèces susceptibles de dévaler sur le site. L'espacement des barreaux doit être adapté à l'espèce cible la plus exposée en fonction de la taille des stades dévalants. Pour l'anguille, un espacement de 20 mm est préconisé. Il pourra être abaissé à 15 mm selon la position de l'obstacle dans le bassin versant et l'effet cumulé. Les modalités de franchissement par l'exutoire de dévalaison et hors exutoire ne doivent pas occasionner de blessures ou mortalités.
En cas d'impossibilités techniques à la mise en place d'une prise d'eau ichtyocompatible, qui devront être démontrées ou, à titre de mesures transitoires, d'autres aménagements pour limiter la pénétration des poissons dans la prise d'eau ou des arrêts de turbinage ou de prélèvement d'eau doivent être mis en œuvre dans la mesure où leurs modalités donnent suffisamment de garanties sur le fait de couvrir les épisodes de dévalaison des espèces cibles.

Dès lors que le transport suffisant des sédiments doit être garanti pour le respect des principes définis aux articles 6 et 7 ci-dessus, l'exploitant ou à défaut le propriétaire peut être amené à mettre en place des actions spécifiques au niveau de son ouvrage.
En ce qui concerne les opérations de gestion du transit des sédiments, et sans préjudice des règles de sécurité s'imposant par ailleurs, les ouvertures ciblées des ouvrages évacuateurs (clapets, vannes, etc.) sont mises en œuvre dès lors que les conditions de débits amorcent le transport des sédiments dans le cours d'eau. Les ouvrages évacuateurs doivent être conçus et dimensionnés de manière à permettre un transit sédimentaire le plus proche possible des conditions naturelles dans ces conditions de débit. Les temps d'ouverture doivent être adaptés. Les risques sur le milieu en aval de l'ouvrage doivent être appréhendés avant toute opération.
Dans le cas où l'efficacité de ces opérations n'est pas garantie ou les risques sur le milieu aval sont avérés, l'exploitant ou à défaut le propriétaire, entreprend des opérations de curage en privilégiant le dépôt des matériaux grossiers en aval de l'ouvrage dans les zones de remobilisation du cours d'eau, si les caractéristiques des sédiments (volume, granulométrie, physico-chimie), les exigences liées à la sécurité publique et la préservation des milieux aquatiques en aval le permettent. S'agissant des sédiments les plus fins, des hydrocurages peuvent être pratiqués afin de limiter les impacts sur le milieu aval.
Les mesures de gestion des sédiments sont, le cas échéant, précisées par arrêté préfectoral et font l'objet d'un suivi.

Le débit maintenu à l'aval d'un barrage comprend le débit minimum biologique tel que défini à l'article L. 214-18 du code de l'environnement ainsi que, le cas échéant, le débit nécessaire à garantir les droits d'usage de l'eau existants et la protection des intérêts de la gestion équilibrée et durable de l'eau énumérés à l'article L. 211-1 présentant un enjeu dans le tronçon concerné.
Toutefois, lorsque le débit entrant est inférieur à ce débit fixé, le débit maintenu à l'aval est au moins égal au débit entrant.
La valeur du débit maintenu à l'aval d'un barrage peut varier au cours de l'année, de manière à tenir compte des enjeux liés à la protection des milieux aquatiques et des usages existants.
Le ou les dispositifs de restitution du débit minimal sont dimensionnés en privilégiant la régulation du niveau d'eau amont. Le dispositif de restitution du débit minimal est mis en place de manière à permettre un contrôle effectif de ce débit. Celui-ci peut être restitué par plusieurs ouvrages (organe spécifique, passe à poissons nécessitant un débit d'attrait, dispositif de dévalaison, passe à canoë, etc.)
Pour les installations situées sur des cours d'eau classés au titre de l'article L. 214-17 (1°) ou L. 214-17 (2°) du fait de la présence de poissons migrateurs amphihalins, le débit minimum biologique est adapté aux exigences liées à la montaison des espèces présentes.
La valeur du débit maintenu à l'aval, ses éventuelles variations au cours de l'année et les modalités de restitution de ce débit sont, le cas échéant, précisées par arrêté préfectoral.

Dans le cas des barrages réservoirs et afin de réduire l'effet de l'artificialisation des débits et du blocage du transport solide sur la dynamique hydromorphologique en aval, le pétitionnaire peut être amené à réaliser des lâchers d'eau périodiques de manière combinée aux éventuelles dispositions de rétablissement du transport des sédiments. Ces lâchers sont destinés à réduire l'impact de l'absence de crues morphogènes naturelles de fréquence biennale, en créant des conditions de débit favorables à la restauration d'une dynamique hydromorphologique équilibrée. Ces lâchers ne doivent pas engendrer d'incidences négatives sur les peuplements (lâchers en période de reproduction, destruction des habitats abritant des pontes…).
Dans certains cas, ces lâchers pourront également favoriser les migrations de certaines espèces de poissons. Un suivi de l'impact de ces lâchers est mis en œuvre. Les modalités précises de ces lâchers d'eau sont portées à la connaissance du préfet et peuvent être adaptées en fonction des résultats des suivis. Ces lâchers font l'objet de la part du pétitionnaire d'une information adaptée des riverains et usagers aval concernés.
Les modalités de mise en œuvre de ces lâchers d'eau à effet morphogène sont, le cas échéant, précisées par arrêté préfectoral.