L'Agence française d'expertise technique internationale peut conclure avec chaque ministère intéressé une convention pluriannuelle portant sur la mise en œuvre des orientations générales figurant dans le contrat triennal d'objectifs et de moyens mentionné à l'article 2 et sur les moyens nécessaires.
Cette convention pluriannuelle comprend les orientations de l'établissement dans le domaine considéré, les conditions de mise à disposition d'experts publics et, le cas échéant, les moyens humains et budgétaires affectés à l'agence, notamment par les ministères, pour la mise en œuvre d'actions bilatérales d'expertise technique.
L'Agence française d'expertise technique internationale adresse annuellement à chaque ministère avec lequel elle a contracté une convention un bilan de son exécution.

Conjointement avec les ministères intéressés, l'Agence française d'expertise technique internationale définit le cadre juridique et financier lui permettant de mobiliser les experts publics nécessaires à sa mission.
Elle organise également la formation nécessaire à ces experts.

Pour exécuter sa mission, l'Agence française d'expertise technique internationale s'appuie sur le réseau diplomatique.

L'établissement s'appuie également sur les autres organismes publics intervenant dans le domaine de l'expertise technique internationale et les organismes de sécurité sociale. Il peut conclure à cet effet une convention avec chacun de ces organismes.