Le délégué national dirige l'établissement public. A ce titre, il a autorité sur l'ensemble des services et des personnels de l'établissement.
Il organise les services, gère et affecte le personnel. Il recrute les personnels contractuels.
Il est ordonnateur des recettes et des dépenses. Il conclut les contrats et conventions engageant l'établissement.
Il peut, dans les conditions qu'il détermine, déléguer sa signature au secrétaire général. Pour les actes autres que ceux effectués en tant que pouvoir adjudicateur, il peut également déléguer sa signature aux autres agents placés sous son autorité.

Le secrétaire général est nommé par le délégué national, après consultation du conseil d'administration, pour une durée de trois ans renouvelable.
Il est chargé, sous l'autorité du délégué national, de l'administration et de la gestion de l'établissement. En cas d'absence ou d'empêchement du délégué national, il le supplée dans la gestion de l'établissement.
Les fonctions de secrétaire général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration. Elles ne peuvent être exercées par l'agent d'une commune dont le maire est membre du conseil d'administration ou par l'agent d'un établissement public de coopération intercommunale dont le président ou l'un des vice-présidents est membre du conseil d'administration.

Pour l'exercice de ses missions, le délégué national est assisté, outre d'un secrétaire général, de collaborateurs ayant la qualité de fonctionnaire, mis à disposition ou détachés, d'agents contractuels ainsi que de personnel militaire.