L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Les ressources de l'agence peuvent comprendre :
1° Les rémunérations des prestations mentionnées à l'article 2 ;
2° Les subventions de l'Etat, des collectivités publiques ou de toute personne publique ou privée ;
3° Le produit résultant des ventes effectuées dans le cadre de ses missions et des droits de propriété intellectuelle ;
4° Les emprunts ;
5° Le produit des cessions et participations ;
6° Les produits financiers résultant du placement de ses fonds ;
7° Les produits des biens meubles et immeubles ;
8° Les dons et legs ;
9° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses de l'agence comprennent les frais de personnel qui ne sont pas pris en charge par l'Etat, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toute dépense nécessaire à l'activité de l'établissement et à l'accomplissement de ses missions.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées par le directeur de l'agence, avec l'accord de l'agent comptable et du contrôleur budgétaire. Elles sont soumises aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.