Pour être agréé conformément à l'article 1er, l'exploitant de l'établissement dépose auprès du directeur départemental des services vétérinaires du lieu d'implantation de l'établissement une demande d'agrément selon le modèle figurant en annexe I du présent arrêté.
Cette demande est accompagnée d'un dossier d'agrément composé des pièces définies au point A de l'annexe II du présent arrêté. Les exploitants des établissements tiennent à jour une copie de ce dossier d'agrément et la mettent à la disposition des services de contrôle sur le site. Les pièces sont conservées pendant une durée minimale de cinq ans.

L'agrément est délivré par l'autorité administrative compétente du département d'implantation, sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires.
Il ne peut être accordé qu'aux établissements dont le dossier d'agrément est complet et jugé recevable, et pour lesquels la conformité aux conditions sanitaires des installations, des équipements, du fonctionnement et du transport fixées par la réglementation a été constatée sur place par le directeur départemental des services vétérinaires.
L'autorité administrative compétente peut accorder un agrément provisoire lorsque la visite sur place permet de conclure que l'établissement respecte toutes les prescriptions en matière d'infrastructure et d'équipement. Elle n'accorde l'agrément définitif que lorsqu'une nouvelle visite sur place, effectuée dans les trois mois qui suivent l'octroi de l'agrément provisoire, fait apparaître que l'établissement respecte l'ensemble des exigences fixées par la réglementation. Si de nets progrès ont été réalisés, mais que l'établissement ne respecte toujours pas toutes ces exigences, l'autorité compétente peut prolonger l'agrément provisoire. Toutefois, la durée d'un agrément provisoire ne peut pas dépasser six mois au total.

L'agrément délivré porte une référence au règlement (CE) n° 1774 / 2002 susvisé, en précisant l'article dudit règlement sur lequel se fonde la délivrance de l'agrément, et une référence à l'article L. 226-3 du code rural et de la pêche maritime. Il précise les catégories de sous-produits et le type d'activité pour lesquels il est accordé. Il attribue un numéro d'agrément à l'établissement selon la codification suivante :

― le code FR ;

― le numéro d'identification.

Le numéro d'identification est composé dans l'ordre :

― du numéro de codification du département ;

― du numéro de codification de la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, de l'arrondissement ;

― du numéro d'ordre de l'établissement dans la commune ou, pour Paris, Lyon et Marseille, dans l'arrondissement.

L'exploitant d'un établissement agréé est tenu d'informer au préalable le directeur départemental des services vétérinaires de son lieu d'implantation de toute modification de son activité, toute modification importante dans l'installation des locaux, de leur aménagement, des principaux équipements ou de leur affectation, une modification importante des procédures de maîtrise des points critiques. Il transmet à cet effet au directeur départemental des services vétérinaires de son lieu d'implantation les pièces nécessaires pour la mise à jour de son dossier d'agrément.
L'agrément est, le cas échéant, modifié selon les conditions définies à l'article 4, notamment si l'établissement a démontré ses capacités à se livrer à une nouvelle activité.

A tout moment, en cas de constat de manquement aux dispositions des législations communautaire, nationale ou de réglementations prises pour leur application, en termes d'hygiène, d'élimination ou d'utilisation des sous-produits animaux notamment, en l'absence d'actualisation des pièces essentielles constitutives du plan de maîtrise sanitaire mentionné à la partie A de l'annexe II du présent arrêté, l'agrément peut être, après mise en demeure, suspendu, voire retiré par l'autorité administrative compétente du département d'implantation sur proposition du directeur départemental des services vétérinaires, conformément à l'article L. 226-3 du code rural et de la pêche maritime.

L'agrément est retiré en cas de cessation d'activité.

La liste des établissements agréés avec leur numéro d'agrément est rendue publique par le ministère en charge de l'agriculture. Les modifications, suspensions et retraits d'agrément sont également rendus publics.