Les dispositions des articles L. 719-4 à L. 719-9 du code de l'éducation et du décret n° 94-39 du 14 janvier 1994 modifié relatif au budget et au régime financier des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel sont applicables à l'Ecole nationale des chartes. Les compétences attribuées par ce décret au recteur d'académie sont exercées par le ministre chargé de l'enseignement supérieur.

Les instituts mentionnés à l'article 6 disposent d'un budget propre, qui est intégré au budget de l'école. Le budget est élaboré et voté dans les conditions définies par les articles 3, 4, 17, 19, 21 et 38 du décret du 14 janvier 1994 précité.