Les déchets et résidus produits sont stockés, avant leur valorisation ou leur élimination, dans des conditions ne présentant pas de risques de pollution (prévention d'un lessivage par les eaux météoriques, d'une pollution des eaux superficielles et souterraines, des envols et des odeurs) pour les populations avoisinantes et l'environnement. Ces dispositions s'appliquent en particulier aux stockages temporaires des déchets spéciaux.

Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées à cet effet en application du titre Ier du livre V du code de l'environnement, dans des conditions permettant d'assurer la protection de l'environnement ; l'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées. Il tiendra à la disposition de l'inspection des installations classées une caractérisation et une quantification de tous les déchets spéciaux générés par ses activités.

Tout brûlage à l'air libre est interdit.

L'arrêté d'autorisation fixe la liste des principaux déchets que l'exploitant est autorisé à éliminer à l'extérieur et à l'intérieur de l'établissement.