Les agents reçoivent, après service fait, une rémunération comprenant le traitement brut correspondant à un indice de la fonction publique ainsi que, le cas échéant, l'indemnité de résidence et le supplément familial de traitement. Cette rémunération est déterminée et évolue selon le régime applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de la propriété industrielle, du budget et de la fonction publique fixe l'échelonnement indiciaire applicable à chacune des catégories d'emplois créées par le présent décret.

Un décret fixe le régime indemnitaire applicable aux agents de l'institut.