La radiation de l'ordre peut être prononcée sur proposition du ministre chargé de la mer, faite après avis conforme du conseil de l'ordre, contre tout membre de l'ordre qui aura fait l'objet d'une condamnation à une peine d'emprisonnement.

La suspension de l'exercice des droits et prérogatives attachés à la qualité de membre de l'ordre du Mérite maritime peut être prononcée, pour une durée qui ne saurait excéder cinq années, sur proposition du ministre chargé de la mer, faite après avis conforme du conseil de l'ordre, contre tout membre qui aura commis un acte contre l'honneur.

La suspension ou la radiation sont prononcées par décret du Premier ministre, publié au Bulletin officiel des décorations, médailles et récompenses de la République française.

Tout membre de l'ordre qui fait l'objet d'une action disciplinaire est informé, dès l'ouverture de celle-ci, des faits qui lui sont reprochés. Les pièces de son dossier lui sont communiquées. Il dispose d'un délai de deux mois à compter de cette communication pour faire valoir sa défense en se faisant assister, s'il le souhaite, de la personne de son choix. Cette défense peut être écrite sous la forme d'un mémoire, ou orale. Dans ce cas, le président du conseil de l'ordre peut demander à un de ses membres, désigné pour instruire le dossier, de l'entendre.