RFF est soumis au contrôle administratif et technique de l'Etat. Ce contrôle est assuré par les services du ministre chargé des transports.

L'établissement supporte les frais de fonctionnement de ces services dans des conditions fixées par arrêté du ministre chargé des transports.

SNCF Réseau est soumis aux dispositions de la réglementation en vigueur relative à la sécurité des voies ferrées en tant qu'elles concernent ses activités.

La mission de contrôle exerce les fonctions qui lui sont confiées sous l'autorité et pour le compte du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.

Elle est également à la disposition du ministre chargé des transports pour tout avis ou intervention dans les domaines de sa compétence.

La mission est chargée d'un rôle d'information, de conseil et de contrôle en matière économique et financière auprès de l'établissement public et de ses filiales.

Elle peut se faire assister par des personnes ou des organismes extérieurs, spécialisés dans les techniques de contrôle et d'évaluation. Elle recueille préalablement l'avis des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.

La mission fait connaître son avis par des notes et rapports adressés aux ministres chargés de l'économie, du budget et des transports, ainsi qu'à la direction de l'établissement public.

En particulier, la mission formule un avis écrit sur toutes les propositions soumises au conseil d'administration de RFF, relatives au budget d'exploitation, au budget d'investissement, aux comptes de l'exercice, ainsi qu'aux projets particuliers d'investissement soumis à approbation ministérielle.

Elle donne un avis sur les projets de création de filiales, de prise ou de modification de participation envisagés par l'établissement public ainsi que par ses filiales majoritaires, avant délibération de leurs instances statutaires respectives auxquelles ces avis sont communiqués.

Elle s'assure de l'application des conventions ou contrats passés entre l'établissement public et l'Etat ainsi que les autres collectivités publiques.

Elle procède pour les dossiers ayant fait l'objet d'une demande du contrôleur financier et comptable public des organismes versants à la vérification des sommes que l'Etat et les autres collectivités publiques versent à l'établissement public en application des dispositions réglementaires ou conventionnelles en vigueur.

La mission veille au respect des procédures de mise en concurrence et de passation des marchés et vérifie la régularité des marchés.

Les marchés passés par l'établissement public sont soumis au visa de la mission de contrôle, dès lors que leur montant dépasse un seuil fixé par arrêté conjoint des ministres des transports, de l'économie et du budget.

Le chef de la mission, ou son représentant, siège avec voix consultative au conseil d'administration de RFF, ainsi qu'aux comités et commissions qu'il a créés.

Il reçoit, en même temps que les membres des différents organismes susvisés, les documents qui leur sont adressés avant chaque séance.

RFF fournit à la mission toutes les informations nécessaires à l'accomplissement de ses tâches. Les membres de la mission ont tous pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place ; ils ont accès aux documents comptables. Ils peuvent assister aux séances des comités et commissions existant dans l'établissement et dont l'objet est en rapport avec la compétence de la mission.