Le médecin du travail est lié par un contrat conclu avec l'établissement chargé de la gestion du service de santé au travail conformément à un modèle de contrat établi par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et du travail.

L'établissement informe le comité technique d'établissement, le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail et le directeur régional des entreprises, de la concurrence, de la consommation, du travail et de l'emploi de la nomination ou du recrutement du médecin du travail.

Sans préjudice des dispositions réglementaires applicables en matière disciplinaire aux personnels visés à l'article L. 952-21 du code de l'éducation et au 1° de l'article L. 6152-1 du code de la santé publique, la décision de licenciement du médecin du travail, de rupture ou de non-renouvellement de son contrat à durée déterminée est prise après avis conforme de l'inspecteur du travail. Cet avis est rendu après consultation du comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail compétent et avis du médecin inspecteur du travail.

Le médecin du travail assure personnellement l'ensemble de ses fonctions. Dans les établissements dont il a la charge, ces fonctions sont exclusives de toute autre fonction susceptible de remettre en cause l'indépendance du médecin du travail prévue à l'article L. 4622-4 ou qui déroge à l'article R. 4127-99 du code de la santé publique.

Toutefois, le médecin du travail peut confier certaines activités, sous sa responsabilité et dans le cadre de protocoles écrits, notamment aux collaborateurs médecins, aux internes, aux candidats à l'autorisation d'exercice, aux infirmiers, aux assistants de service de santé au travail. Pour les professions dont les conditions d'exercice relèvent du code de la santé publique, ces activités sont exercées dans la limite des compétences respectives des professionnels de santé déterminées par les dispositions du présent code.

Le service autonome de santé au travail comprend au moins un médecin du travail employé à temps complet pour mille cinq cents agents.

Pour tout effectif ou fraction inférieure à mille cinq cents agents, il est fait appel à un médecin du travail employé à temps partiel.

Le seuil de mille cinq cents agents est porté à deux mille lorsque le service autonome de santé au travail est assisté de l'équipe pluridisciplinaire composée de l'ensemble des agents mentionnés aux 1° à 3° de l'article R. 4626-17.

Lorsque le service autonome de santé au travail comprend plusieurs médecins, la coordination administrative de leurs activités peut être confiée à l'un d'entre eux.

Dans le cas d'un service autonome de santé au travail constitué par convention entre plusieurs établissements, le temps consacré aux déplacements est compté dans le temps de travail du médecin.