Les ressources de l'établissement comprennent notamment :
1° La rémunération des services rendus ;
2° Le produit des redevances et contributions de toute nature, notamment les redevances qui applicables aux inventions et procédés nouveaux à la réalisation desquels l'établissement a contribué ;
3° Les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics et de tous organismes publics ou privés ;
4° Les emprunts qu'il contracte et les avances qui lui sont consenties ;
5° L'intérêt et le remboursement des prêts et avances consentis par l'établissement ;
6° Le produit des participations ;
7° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'établissement et le produit de leur aliénation ;
8° Le produit des publications ;
9° Le produit des dons et legs ;
10° Les produits financiers.

Le laboratoire est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées dans l'établissement dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Le laboratoire est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat dans les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et par le décret n° 55-733 du26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière du laboratoire est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier.