Sous réserve des dispositions de l'article R. 5313-61, le port autonome est soumis de plein droit aux règles de la tutelle financière prévues par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 modifié relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et au contrôle économique et financier de l'Etat prévu par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.

Le compte financier est soumis au contrôle de la Cour des comptes. Il est adressé à celle-ci par le président du conseil d'administration.

Pour l'application de l'article R. 5313-30, le commissaire du Gouvernement correspond directement pour les besoins du service avec le président du conseil d'administration et avec le directeur du port.
Il prend connaissance des projets en préparation et de tous les documents qu'il juge nécessaires à l'exercice de ses missions.

Le commissaire du Gouvernement fait connaître au ministre chargé des ports maritimes ses observations sur le rapport annuel d'activité présenté au conseil d'administration.
L'autorité chargée du contrôle économique et financier établit un rapport sur la gestion économique et financière du port pendant l'année précédente ainsi que sur les comptes de la même année. Ce rapport est adressé au ministre chargé des finances.
Le commissaire du Gouvernement et l'autorité chargée du contrôle économique et financier se communiquent leurs rapports respectifs avant la transmission à l'administration supérieure.

Lorsque les participations financières à céder, à prendre ou à étendre décidées en application de l'article R. 5313-79 sont d'un montant inférieur à un seuil fixé par arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé des finances et du ministre chargé du budget, et qu'elles ont pour objet des sociétés, des groupements ou des organismes dont le siège ou l'établissement principal est implanté dans un des départements de la région dans laquelle est situé le port autonome, leur approbation préalable est réputée acquise à défaut d'opposition du ministre chargé des ports maritimes, du ministre chargé des finances ou du ministre chargé du budget notifiée dans un délai de deux mois à compter de la date la plus tardive de réception de la demande par les ministres concernés.