Les dépenses de l'établissement comprennent les frais de fonctionnement, les dépenses d'acquisition de biens meubles et immeubles, les frais de travaux d'aménagement, d'entretien et de grosses réparations afférents aux immeubles qui lui sont remis en dotation et, de façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'exercice de ses missions.

Le budget de l'établissement et ses comptes annuels sont établis par année du 1er janvier au 31 décembre.

L'établissement est soumis au contrôle économique et financier dans les conditions fixées par le décret n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social et par le décret n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat.